Думы не только небольших городов, но и крупных российских центров с 60-х годов XIX столетия превратились в вотчины староверческого купечества. Так, контрольный пакет Нижегородской думы (50 мест из 72) находился в руках купцов и почетных граждан. В ней заправляли купеческие лидеры, известные ревнители старой веры: Бугров, Баулин, Башкиров, Губин и др. На протяжении всей второй половины XIX века должность главы думы занимали только купцы или их выдвиженцы, как, например, их деловой партнер барон Д. Дельвиг или юрист Бугрова А. Меморский. Аналогичная ситуация наблюдалась и в Москве, с той лишь разницей, что состав гласных здесь был больше разбавлен интеллигенцией, однако это мало что меняло. В 60-80-х годах в думе Первопрестольной существовал устойчивый костяк гласных от крупного купечества. Исследователи, обстоятельно изучавшие общественное самоуправление, относят к нему известных московских предпринимателей: В.Д. Аксенова, А.К. Крестовникова, В.Д. Коншина, И.А. Лямина, А.В. и Д.С. Лепешкиных, П.М. Рябушинского, К.Т. Солдатенкова, П.М. и С.М. Третьяковых, Д.И. Четверикова, И.В. Щукина, А.А. Бахрушина, В.И. Якунчикова и др. Только сегодня, как и в советскую эпоху, из поля зрения по-прежнему выпадает важный факт: все перечисленные лица принадлежали к старообрядчеству. А вот в пореформенный период это обстоятельство ни для кого не являлось секретом. Например, известный писатель той поры П.Д. Боборыкин в своем романе «Китай-город» (1882) устами главного героя так характеризовал московскую обстановку:
...«Кто хозяйничает в городе? Кто распоряжается бюджетом целого немецкого герцогства? Купцы... они занимают первые места в городском представительстве. Время прежних Тит Титычей кануло. Миллионные фирмы передаются из рода в род... Судьба населения в 5, 10, 30 тысяч рабочих зависит от одного человека. И человек этот – не помещик, не титулованный барин, а коммерции советник, или попросту купец первой гильдии, крестит лоб двумя перстами».
Купеческие гласные определяли ход работы Думы, контролировали все ее ключевые посты. Не заручившись их поддержкой, невозможно было рассчитывать на избрание на какую-либо должность в структурах городского самоуправления. Так, в 90-х годах XIX столетия в Московской думе заправляли купеческие группировки, возглавляемые Вишяковым и Найденовым. К первой принадлежала более молодая часть купеческих гласных, а вторая объединяла думцев из старых фамилий. Главы городской Думы Н.А. Алексеев (погибший в 1892 году) и сменивший его В.В. Рукавишников были выдвиженцами именно вишняковской группы; над В.В. Рукавишниковым даже иронизировали, называя его «рука Вишнякова». В 1897 году сторонники Найденова, находившиеся в оппозиции, сумели провести на пост главы Думы своего кандидата – князя В.М. Голицына.
В пореформенный период такой конфессиональный состав городских дум нередко порождал конфликты органов общественного самоуправления с местными чиновниками. В той же Москве произошло крупное обострение между городским головой, купцом Н.А. Ляминым (неизменным деловым партнером Т.С. Морозова), и губернскими властями. Поводом стало поведение Лямина, подчеркнуто демонстрировавшего свою значимость как главы городской Думы. В результате МВД было вынуждено разъяснять, что губернатору присвоено первенство перед всеми сословными и общественными органами на местах, а противопоставлять должность головы чиновникам на государственной службе недопустимо. В результате Лямин не счел возможным продолжать исполнение своих обязанностей и подал в отставку. Этот случай получил широкую огласку: он возбудил немало разговоров о пределах независимости выборных голов по отношению к административным властям. Купечество, чувствуя на местах свою силу, не упускало возможности напомнить о своих правах в решении городских дел. Свидетельства тому представлены достаточно широко. Так, в 1873 году в Перми разгорелся конфликт вокруг городского головы И.И. Любимова: будучи крупным купцом, владельцем ряда железных и соляных заводов, он не согласился выплачивать полицейскому управлению города дополнительные денежные суммы сверх уже предусмотренных. Пермский обер-полицмейстер расценил это как неповиновение властям; городскому главе были предъявлены сфабрикованные обвинения в захвате чужого имущества, на него завели уголовное дело. В ответ Любимов заявил, что не может продолжать службу, и предложил гласным избрать вместо себя другое лицо. Однако Дума, которую контролировало купечество, поддержала своего главу, направив ему адрес с перечислением его заслуг перед городом, и просила не покидать поста. С большим трудом дело удалось замять. В других случаях конфликты между думским купечеством и губернской администрацией разрешались долго. Один из них произошел в Царицынской городской думе. Костяк ее гласных составляло, как водится, купечество, слаженно действовавшее при избрании на все думские должности. Из этого круга на пост главы города был выдвинут кандидат -купец первой гильдии И. И. Мельников, но саратовский губернатор решил не утверждать его в этом качестве. Тем не менее гласные упорно голосовали за него, и только получив окончательный отказ, подобрали другую кандидатуру. Однако меньше чем через год тот сложил с себя полномочия, а новые выборы дали прежний результат: городским головой снова избрали И. Мельникова. И эти итоги губернатор приказал аннулировать, но через три месяца история повторилась. В результате дума все же добилась своего, и ее кандидат занял место главы, на котором оставался в течение шестнадцати лет (с 1864 по 1880 год) и только в 1886 году отказался от общественной деятельности.